تفتيش افكار قرون وسطايي براي مقاصدي پديد آمده بود كه بي هيچ گونه اتلاف وقت به حصول آن نايل آمد: بدعت را در فرانسه بكلي محو كرد، و فرقه ها را مبدل به چند تن از متعصبين پراكنده ساخت، آيين كاتوليك را دوباره در ايتالياي جنوبي استقرار بخشيد، و تجزيه مسيحيت مغرب زمين را مدت سه قرن به تاخير انداخت. رهبري فرهنگي اروپا از دست فرانسه بيرون آمد و از آن ايتاليا شد، لكن حكومت سلطنتي فرانسه تحكيم يافت و آن قدر نيرومند شد كه حكومت پاپي را اسير خود ساخت .

در اسپانياي قبل از سال 1300، دستگاه تفتيش افكار سهم مهمي ايفا نكرد. ... شايد براي آنكه مبادا شور طرفداران دستگاه تفتيش افكار به افراط كشد، در ايتالياي شمالي كماكان عده زيادي از بدعتگذاران به حال خود باقي ماندند. اكثر مردم اين نواحي، كه به ظاهر پيرو اصول صحيح مذهب كاتوليك بودند، حاضر نمي شدند كه عملا در تعقيب و آزار بدعتگذاران شريك باشند. 

ظاهرا پيروزي كليسا در ايتاليا كامل بود. .... در انگلستان تفتيش افكار هيچ گاه استيلا نيافت. قبل از ويكليف، در انگلستان چندان اثري از بدعت مشهود نبود ..... در آلمان بازار تفتيش افكار با پيدايش دوران كوتاهي از خشونت ديوانه وار رونق گرفت، و سپس آرام شد. .... اسقفان آلماني خود تصدي تفتيش افكار را بر عهده گرفتند و آن را با روش عادلانه تري قرين ساختند. بسياري از فرقه‌ها، كه برخي از بدعتگذاران و بعضي از رازوران بودند، در آلمان پايدار ماندند و زمينه را براي ظهور هوس و لوتر فراهم كردند.

براي قضاوت درباره تفتيش افكار بايد خصوصيات عهدي را در مد نظر آورد كه مردم به وحشي گري معتاد بودند. شايد فهم اين پديده در عهد خود ما - كه در جنگ، و بدون هيچ گونه رعايت مقررات حقوقي، عده مردماني كه به قتل رسيدند و بي گناهاني كه به خاك افتادند به مراتب بيشتر از تمام جنگ ها و تعقيب و آزارهايي بود كه از زمان قيصر تا عهد ناپلئون اتفاق افتاد - بهتر قابل درك باشد. عدم تساهل طبيعتا لازمه ايمان محكم است. تساهل فقط هنگامي افزايش مييابد كه ايمان اطمينان را از كف بدهد. اطمينان و ايقان آدمكش است.  

افلاطون در كتاب نواميس خويش عدم تساهل را جايز شمرد. در قرن شانزدهم مصلحان بزرگ اروپا آن را تجويز كردند، و برخي از منتقدان تفتيش افكار در عهد ما از همان روش هاي تفتيش افكار قرون وسطايي دفاع مي كنند. ... احتمالا شكنجه دادن مخفيانه مظنونين در عصر خود ما بيشتر تقليد از روش تفتيش افكار است تا اقتباس از حقوق رومي.

تعقيب و آزار مسيحيان در امپراطوري روم طي سه قرن اوليه رواج مسيحيت، در مقام قياس با زجري كه بدعت گذاران اروپا از 1227 تا 1492 چشيدند، اقدامي بود معتدل و مشفقانه. تفتيش افكار به اضافه جنگها و آزار صاحبان آراي مختلف در زمان ما را بايد از سياه ترين لكه‌هاي ننگ بر صحايف تاريخ بشري دانست، زيرا اين همه معرف يك نوع درنده خويي است كه نظيرش هرگز از هيچ حيوان درنده اي ديده نشده است.

- سابقه تفتيش افكار

كتاب عهد قديم براي معامله با بدعتگذاران دستور ساده و سرراستي به مومنان مي داد، به اين معني كه ميگفت اين گونه افراد را بايد دقيقا مورد بازرسي قرار داد، و اگر سه نفر شاهد معتبر شهادت دادند آنگاه مومنان موظف بودند تا مرتد را سنگسار كنند تا بميرد.

انجيل يوحنا حاكي از اين بود كه خود عيسي مسيح اين را قبول كرده بود، .... جوامع يهود قرون وسطايي این حكم را درباره بدعت از لحاظ نظري قبول داشتند، اما تقريبا در عمل هيچگاه از آن پيروي نمي كردند. ابن ميمون بدون چون و چرا حكم مزبور را قبول كرده بود. 

به موجب قوانين يوناني، هر كس مرتكب پرستش خداياني غير از خدايان اصيل يونان ميشد، عملش يك گناه بزرگ محسوب به حساب مي آمد. به اتكاي چنين قانوني بود كه سقراط را مجبور به نوشيدن جام شوكران كردند.

در رم باستان، بدعت و بي حرمتي به خدايان در حكم خيانت بزرگ محسوب ميشد، و مجازات چنين جرمي مرگ بود. در هر مورد كه مدعي خصوصي براي لو دادن يك نفر مقصر وجود نداشت، قاضي دادگاه رومي شخص مظنون را احضار، و خودش درباره اتهام تحقيق مي كرد. از اين رويه كهنسال قضايي روم بود كه دستگاهي براي تفتيش افكار در قرون وسطي به وجود آمد و بر آن نام انكيزيسيون اطلاق گرديد. امپراطوران بیزانس، با الهام از حقوق رومي، مانويان و ساير بدعتگذاران را محكوم به مرگ مي كردند. در طي قرون تيرگي، چون در اروپاي باختري كمتر اتفاق مي افتاد كه يكي از پيروان آيين مسيح به مخالفت با آن دين برخيزد، تساهل رو به فزوني گذاشت، و پاپ معتقد بود كه در مورد بدعت فقط بايد به مجازات تكفير اكتفا كرد.

در قرن دوازدهم چون بازار بدعتگذاري رواج گرفت، معتقد شدند كه علاوه بر تكفير، حكومت نيز بايد اين گونه افراد را تبعيد يا زنداني كند. و با احياي حقوق رومي ( ایتالیا )، شرايط، طرق، و انگيزه يك تفتيش افكار مذهبي به وجود آمد. سرانجام در قرن سيزدهم، كليسا مقرر داشت كه مجازات بدعت بايد مرگ باشد.

به زعم عموم مسيحيان، كليسا را پسر خدا تاسيس كرده بود. بر مبناي همين فرض، هر كس بر آيين كاتوليك مي تاخت، نسبت به خداوند مرتكب اهانتي شده بود; با توجه به اين مقدمات، يك نفر بدعتگذار سركش، در نظر مومنان اصيل آيين، كسي نبود مگر نماينده شيطان، كه مي خواست هر چه را عيسي مسيح كرده بود نقش بر آب سازد; و هر كس يا حكومتي كه با بدعتگذاران تساهل روا ميداشت، به كار شيطان كمك مي كرد. در اين موقع، كليسا چون خود را جز لاينفكي از حكومت سياسي و روحاني اروپا مي دانست، بدعت را درست با همان چشمي مي ديد كه حكومت به خيانت مي نگريست; به عبارت ديگر، بدعت در واقع تيشه اي بود بر ريشه نظام اجتماعي. و يك نفر بدعتگزار به مراتب بدتر از يك نفر مسلمان يا يهودي بود; 

فرد بدعتگذار خيانت كاري بود كه در درون اردو مقام داشت و به وحدت جهاني مسيحي ( كه دست اندركار مبارزهاي عظيم با عالم اسلام بود ) خلل مي رساند. به علاوه عالمان الاهي مدعي بودند كه اگر هر آدمي كتاب مقدس را طبق نظر خويش تفسير كند و براي خود تافته جدا بافته اي از مسيحيت بوجود آورد، ديني كه پايه اصول اخلاقي سست مردمان اروپا بر آن استوار است به زودي به انواع كيش هاي مختلف و متعدد تقسيم خواهد شد و خاصيت خود را به عنوان پيوندي اجتماعي كه وسيله همبستگي افرادي بربري در يك جامعه و پيدايش يك تمدن شده است از دست خواهد داد.

 خود مردم در همه جا ( به استثناي فرانسه جنوبي و ايتالياي شمالي ) با رغبت و ذوقي بي نهايت به تعقيب و آزار همنوعان خود پرداختند; و مومنان شكايت داشتند از اينكه كليسا بي اندازه با بدعتگذاران با مدارا رفتار مي كند. .... حكومت نيز تا حدي با اكراه در تعقيب و از بين بردن بدعتگذاران با مردم شريك شد، زيرا مي ترسيد بدون معاونت كليسايي كه به زور معتقدات مذهبي متحدالشكلي را در اذهان عامه مردم جايگزين مي ساخت، اداره امور مملكت مختل شود. به علاوه، حكومت مظنون بود از آنكه مبادا بدعت در مسائل سياسي بهانه اي براي اصلاحات خانمان برانداز سياسي باشد، و چه بسا كه چنين هم بود. احتمال دارد كه ملاحظات مادي هم موثر بوده باشند، زيرا هر گاه كه بدعت جنبه مذهبي يا سياسي داشت و بلوايي به پا مي شد، مايملك كليسا و حكومت به خطر مي افتاد.

افكار عمومي طبقات عاليه حكم مي كرد كه به هر قيمت شده ريشه بدعت كنده شود. و جميع اموال بدعتگذاران ضبط مي شد; و وارثان آنها از حق ارث محرم مي شدند; كودكان آنها حق تصدي مشاغل حساس و مناصب عاليه را نداشتند، مگر آنكه با معرفي ساير بدعتگذاران، كفاره گناهان پدر و مادر خود را مي دادند. مقامات حكومتي موظف بودند خانه‌هاي آنها را خراب كنند و بستگانشان را از تعمير و تجديد عمارت بازدارند.

پادشاه ملايم طبع و مهربان فرانسه، ( لويي نهم )، نيز قوانين همانندي را براي اتباع خويش تصويب كرد. در واقع پادشاهان بودند كه بر سر بردن امتياز در شروع تعقيب و قتل بدعتگذاران با مردم بناي رقابت را گذاشتند. ... قبل از قرن سيزدهم، كار تفتيش و تحقيق در بدعت به عهده اسقفان محول بود. عمل اين جماعت را نمي توان تفتيش افكار نام نهاد، زيرا معمولا اسقفان در انتظار مينشستند تا آنكه مردم سر و صدايي به راه اندازند و عده اي را آشكارا به بدعتگذاري متهم كنند. آنگاه اسقفان چون متهمين را احضار ميكردند، اقرار گرفتن از آنها را كاري بس دشوار ميديدند، و از آنجا كه شكنجه دادن عملي موهن بود، براي اثبات جرم يا برائت متهمين، بر وفق سنت قرون وسطايي، به اوردالي متوسل ميشدند، زيرا اعتقاد بر اين بود كه خداوند براي حفظ جان بي گناهان قدرت خويش را از طريق معجزات آشكار ميكند،

نمايندگان پاپ در همه جا مختار بودند اسقفاني را كه در پايمال ساختن بدعتگذاران اهمال مي ورزند از مقامشان عزل كنند. در سال 1215پاپ به كليه مقامات كشوري تكليف كرد تا رسما سوگند ياد كنند كه كليه بدعتگذاراني را كه كليسا محكوم به مجازات مقرر كرده است در سرزمين هاي تابعه خويش نابود كنند، وگرنه خود به جرم بدعتگذاري محكوم مي شوند. به علاوه، پاپ به كليه امرا و سلاطين اخطار كرد اگر از انجام اين وظيفه خويش تخلف ورزند، از مقام خود عزل خواهند شد 

پاپ متوجه شد كه، ( با وجود تعقيب و مجازات بدعتگذاران از طرف اسقفان و مقامات حكومتي و عامه مردم )، بازار بدعت رو به گرمي مي رود. سراسر خطه بالكان، چنان با نهضت هاي بدعتگذار متلاطم شده بودند كه، كليسا ظاهرا خود را محكوم به انشعاب و تجزيه مي ديد. ......  پاپ، جمعي از بازپرسان را مامور كرد تا دادگاهي تشكيل دهند و بدعتگذاران را به محاكمه بكشند. و همين عمل مقدمه تفتيش افكار پاپي بود. در سال 1231 كليسا و حكومت هر دو موافقت كردند كه اگر فردي به بدعتگذاران بگرود و توبه نكند، عملش در حكم خيانت است و مستوجب مرگ. به اين نحو، تفتيش افكار رسما زير نظر پاپ ها داير شده بود.

بعد از 1227، پاپ، شمار زیادی از بازپرسان مخصوص را به اطراف و اكناف گسيل داشتند تا به تعقيب بدعتگذاران مشغول باشند. و براي اين امر خطير، اعزام فقراي مسيحي را مرجح مي شمرد. اين رجحان تا حدي معلول زندگي بي پيرايه و اخلاص اين جماعت بود كه افتضاحات دنياداري و تجمل پرستي كشيشان را خنثا مي كرد و تا حدي معلول عدم اعتمادي بود كه پاپ به اسقفان داشت; با اينهمه هيچ بازپرسي نميتوانست يك بدعتگذار را بدون جلب رضايت و صوابديد اسقفان محكوم به مجازاتي شديد بكند. تعداد بازرسان آن قدر زياد بود كه عوام به شوخي، آنها را سگان شكاري خدا مي خواندند. که در اخلاقيات بسيار سختگير بودند، لكن تعداد كمي از آنان از فضيلت ترحم، بهره اي داشتند. اين جماعت خود را مبارزاني در تعقيب دشمنان مسيح مي شمردند. برخي از آنها، افرادي محتاط و تابع اوامر وجدان، و بعضي ديگر مردمان خونخواري بودند كه از آزار همنوعان خويش لذت مي بردند.  

به حكم حقوق رومي، گرفتن اقرار به كمك شكنجه مجاز بود.... غرض كليسا آن بود كه خون ريخته نشود، لذا مجاز بودند كه مقصران را زنده در آتش بسوزانند....  دلخراش ترين فجايع تفتيش افكار در سياه چال ها صورت گرفت نه بر روي هيمه‌هاي سوزان.